Chính trong thời kỳ này, Timur đã giảm quyền lực của các khả hãn Sát Hợp Đài xuống vị trí bù nhìn trong khi ông cai trị nhân danh họ. Cũng trong thời gian này, Timur và anh rể Amir Husayn, những người trước đây là đồng bọn đào tẩu và lang thang, đã trở thành đối thủ và chống lại nhau. Mối quan hệ giữa họ trở nên căng thẳng sau khi Husayn từ bỏ nỗ lực thực hiện mệnh lệnh của Timur để kết liễu Ilya Khoja (cựu thống đốc của Mawarannah) gần Tashkent.

Timur có được những người ủng hộ ở Balkh, bao gồm các thương gia, đồng bào, giáo sĩ Hồi giáo, tầng lớp quý tộc và công nhân nông nghiệp, vì lòng tốt của ông trong việc chia sẻ đồ đạc của mình với họ. Điều này trái ngược với hành vi của Husayn, người đã xa lánh những tầng lớp này, lấy đi nhiều tài sản của họ thông qua luật thuế nặng của ông ta và tiêu tiền thuế một cách ích kỷ để xây dựng các công trình phức tạp. Khoảng năm 1370, Husayn đầu hàng Timur và sau đó bị ám sát, cho phép Timur được chính thức tuyên bố có chủ quyền tại Balkh. Ông kết hôn với vợ của Husayn là Saray Mulk Khanum, hậu duệ của Thành Cát Tư Hãn, cho phép ông trở thành người cai trị đế quốc của bộ tộc Sát Hợp Đài.